Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku wydało kilka niezwykle interesujących publikacji.
Pierwsza to książka autorstwa Marcina Westphala „Walka o panowanie w głębinach”. Historia powstania U-boota typu XXI”. Omówione w niej są geneza, ewolucjia konstrukcji i przebiegu służby w Kriegsmarine U-bootów Waltera i dużych jednostek oceanicznych typu XXI. W szczególny sposób uwypuklone są skala i stopień skomplikowania programu budowy, które wymusiły zastosowanie niespotykanych dotąd w budownictwie okrętowym rozwiązań.
Drugim dziełem wydanym przez Muzeum II Wojny Światowej jest książka„Druga strona sojuszu. Żołnierze brytyjscy w Polsce w czasie II wojny światowej.” autorstwa Anny Zapalec.
Książka jest monograficznym opracowaniem przyczyn obecności i losów żołnierzy brytyjskich w Polsce w czasie II wojny światowej w kontekście politycznych i wojskowych stosunków polsko-brytyjskich w latach 1939-1945.Ostatnim wydanym dziełem są „Świadectwa Zagłady. Obóz w Chełmnie nad Nerem. Getto wiejskie Czachulec.” Wyboru dokumentów i opracowania dokonała Łucja Pawlicka – Nowak przy współpracy Jolanty Adamskiej. W książce zostały opublikowane źródła do dwóch zasadniczych tematów: funkcjonowania ośrodka zagłady w Chełmnie nad Nerem i gett wiejskich w Kraju Warty, głównie getta Czechulec. Chełmno nad Nerem to pierwszy w dziejach ośrodek masowej zagłady. Utworzony został na terenach okupowanej Polski przez władze niemieckie i funkcjonował jako jedyny na ziemiach wcielonych do Rzeszy; trzy pozostałe (Sobibór, Bełżec i Treblinka) powstały na terenie Generalnego Gubernatorstwa. Chełmno stało się miejscem śmierci około 200 tys. Żydów przywiezionych z gett Kraju Warty, z okupowanych przez Niemcy ziem Europy Zachodniej. Zamordowano tam również 4300 Romów, kilkadziesięcioro (?) czeskich i polskich dzieci, kilkudziesięciu jeńców radzieckich oraz nieznaną liczbę Polaków.