Od 1648 roku Rzeczpospolita Obojga Narodów uwikłana była w wojnę z Kozakami i Tatarami. Od 1654 roku toczyła wojnę z państwem moskiewskim, która przyniosła jej wielką klęskę. Konflikt ten wciągnął także inne państwa, w tym Szwecję, która dokonała inwazji na Rzeczpospolitą w 1655 roku zaraz po Rosji. Szwedzi obawiali się, że wschodnia część Rzeczpospolitej, wchłonięta przez Moskwę, będzie bazą wypadową dla floty rosyjskiej na Morzu Bałtyckim. Tak rozpoczęła się walka o panowanie na Bałtyku.
W 1655 roku czterdziestotysięczna armia szwedzka pod wodzą Karola X Gustawa uderzyła jednocześnie na Wielkopolskę i na Litwę. Wojna zaczęła się klęskami Polaków. Po kapitulacji polskich wojsk pod Ujściem 25 lipca 1655 r. Wielkopolska została poddana Karolowi X Gustawowi. Do początku września 1655 r. Szwedzi zajęli Warszawę. W obliczu rojącej się przed oczyma klęski Jan II Kazimierz ruszył do Krakowa, gdzie pośpiesznie zorganizował obronę, następnie wycofał się na Śląsk, do swojego lenna opolskiego. Kraków poddał się 17 października 1655 r.
Narodowy zryw
Szwedzi osiągnęli ogólny cel polityczny - panowania nad Morzem Bałtyckim, ale również starali się uzyskać z ziem polskich jak najwięcej dóbr. Grabili polskie wsie i miasta, wywozili do Szwecji drogocenne dzieła sztuki, zbiory biblioteczne, ważne dokumenty. W Polsce zaczęto odczuwać zagrożenie narodowego i państwowego bytu. Zrodził się ruch oporu przeciw Szwedom, posługujący się taktyką partyzanckiej "wojny szarpanej". W listopadzie Jan Kazimierz wydał uniwersał wzywający wszystkich Polaków do walki ze Szwedami. Tak zachęcone społeczeństwo coraz chętniej podejmowało skuteczną walkę wyzwoleńczą. Jednym z symbolów narodowego zrywu stała się obrona Jasnej Góry z przełomu listopada i grudnia 1655 r. Zwycięstwo to było przełomowym momentem, bowiem kraj wówczas poderwał się do walki z najeźdźcami i szala zwycięstwa przechyliła się na stronę polską. Do końca grudnia 1655 niemal cała Małopolska wypowiedziała posłuszeństwo Karolowi X Gustawowi. Jan II Kazimierz 1 kwietnia 1656 r. w uroczystym ślubowaniu przyrzekł w tzw. ślubach lwowskich lud "od wszelakich obciążeń i niesprawiedliwości ucisku uwolnić" oraz wypędzić z Polski arian, najbardziej radykalnych protestantów. Oddał też wówczas kraj pod opiekę Matki Bożej, obierając ją za Patronkę i Królową państwa.
Wyzwolenie się Prus
Karol X Gustaw pod naciskiem powszechnego ruchu wyzwoleńczego wycofał się aż na Pomorze. Polacy odbili Warszawę. Jan Kazimierz zawarł traktat z Rosją w Niemieży pod Wilnem 3 listopad 1656 r., który ustanawiał włączenie się Rosji do wojny ze Szwecją. Król Szwecji zdał sobie sprawę, że Szwecja sam nie utrzyma zdobyczy w Polsce. Sojusz Karola X Gustawa z Jerzym Rakoczym (księciem Siedmiogrodu), Bogusławem Radziwiłłem i elektorem brandenburskim Fryderykiem Wilhelmem zaczynał topnieć. Armia Jerzego Rakoczego dokonująca najazdu na Polskę została podbita przez oddziały Stefana Czarnieckiego, Jerzego Sebastiana Lubomirskiego i Pawła Sapiehy. Na skutek tych klęsk i ataku Danii na Szwecję również elektor branderburski przestał czuć się bezpiecznie. W 1657 roku zawarte zostały traktaty welawsko - bydgoskie, w których Rzeczpospolita Obojga Narodów, w zamian za odejście elektora brandenburskiego z obozu szwedzkiego, rezygnuje z lennej zwierzchności nad Prusami Książęcymi.
Pokój w Oliwie
Ostatecznie wojnę polsko-szwedzką kończył zawarty 3 maja 1660 pokój w Oliwie. W przededniu traktatów oliwskich wojna ze Szwedami powoli wygasała. Walki toczono jeszcze na Pomorzu Gdańskim, w Prusach oraz w Kurlandii. Szwedzi utracili w Polsce wszystkie zdobycze, trzymali już tylko nadmorskie porty. Jednocześnie prowadzili wojnę z Danią i Holandią oraz rozpoczęli działania w Norwegii. Postanowienia traktatowe nie przyniosły one żadnych rewolucyjnych zmian na mapie Europy. Rzeczpospolita wróciła do granic sprzed wojny ze Szwecją. Wyrzekła się Inflant z Rygą, których w rzeczywistości nie miała na długo przed wojną ze Szwecją. Jan Kazimierz zachował dożywotnio tytuł króla szwedzkiego. Oczywiście jego następca nie miał już prawa posługiwać się tym tytułem.
W rzeczywistości wielkim wygranym tej wojny był elektor brandenburski i książę pruski Fryderyk Wilhelm, który dzięki niesłychanie zręcznej polityce i wygrywaniu konfliktów pomiędzy Szwedami a Rzecząpospolitą uzyskał to, o czym marzył, a mianowicie suwerenność w Prusach Książęcych. Od tego momentu zaczyna się wzrost potęgi Brandenburgii. Dużo straciliśmy także na arenie międzynarodowej. Z państwa, które dyktowało warunki w tym miejscu Europy przed rokiem 1648, Rzeczpospolita spadła do roli przedmiotu rozgrywek państw silniejszych.
Można też uznać, że walki toczone z najlepszą w zasadzie armią ówczesnej Europy, jaką były wojska szwedzkie, pozwoliły wykształcić kadrę dowódczą i żołnierza najlepszej jakości. Armia ta w latach 1660 i 1661, bez trudu radziła sobie z przeciwnikiem kozackim czy moskiewskim. Wpływy szwedzkie widać nawet w strukturze armii koronnej czy litewskiej, gdzie na skutek zetknięcia się z przeciwnikiem typu zachodnioeuropejskiego zwiększa się gwałtownie liczba piechoty, regimentów cudzoziemskich. Pozwoliło to potem zupełnie inaczej poprowadzić działania przeciwko Moskwie i Kozakom na wschodnich rubieżach Rzeczypospolitej.
Ostatnim, choć nie najmniej ważnym punktem traktatu, do którego zobowiązała się Szwecja, a którego nigdy nie dopełniła był - zwrot wszystkich archiwów i bibliotek, które wcześniej zagarnięto na terenie Rzeczypospolitej i wywieziono. W wyniku tych ustaleń wrócił do nas szereg zbiorów, między innymi znajdująca się dziś w Warszawie Metryka Koronna. Mimo to wiele księgozbiorów pozostało w Szwecji w różnych kolekcjach prywatnych, teraz znajdujących się w tamtejszych bibliotekach publicznych.